لطالما طالب الأمين العام لحركة مشروع تونس محسن مرزوق من حركة النهضة الفصل بين الدين والسياسة ،وقد صرح في عديد المناسبات أن مشروع الحركة ينبني على الفصل بين الدين والسياسة لان الدين لله والسياسة للوطن وهذا موقف واضح وحاسم.
إلا أنه من الظاهر أن محسن مرزوق وحركة مشروع تونس غير توجههما حيث شارك يوم امس مرزوق في تظاهرة وأمسية فكرية نظمتها الحركة في مدينة صفاقس احتفالا بغزوة بدر هو ما يتناقض مع دعواته المتكررة لحركة النهضة و انتقاده المستمر لها بسبب جمعها بين الدين و السياسة.